‘Pandorum’ comienza con un hombre que se despierta en una cámara de hibernación a bordo de una oscura y gigantesca nave. Confuso y desorientado, es incapaz de recordar quién es y qué diablos está haciendo allí. Mientras deambula por los corredores, encuentra un traje con un nombre bordado que debe ser el suyo, Bower, y la foto de una mujer a la que no consigue recordar. ¿Estará ella también a bordo? Tras unos minutos de incertidumbre, se encuentra con otro miembro de la tripulación, el teniente Payton, encarnado por el actor Dennis Quaid (‘Wyatt Earp’).
Pero las dudas no hacen sino crecer, ya que ninguno recuerda con exactitud la misión que les ha sido encomendada y, lo que es más inquietante, no parece haber ningún rastro de vida en la nave. Así que deciden investigar, momento en que el film empieza a dar los primeros sobresaltos al espectador, pero también una generosa dosis de tópicos espaciales. Entre ellos, los conductos claustrofóbicos por los que debe arrastrarse Bower (interpretado por un correctillo Ben Foster, que también apareció en ’30 días de noche’), los sistemas de control que fallan y dejan a los personajes encerrados en una habitación oscura, y las criaturas malrrolleras que cumplen en esta ocasión el papel de octavas pasajeras de la nave.